Стар­ший сын Гн. Пом­пея Маг­на, кон­су­ла 70, 55 и 52 гг. до н. э., и Муции Тер­ции (Lucan. II 631; Suet. Iul. 50). В 49 г., после нача­ла граж­дан­ской вой­ны его отца с Цеза­рем был направ­лен в Еги­пет, там собрал и воз­гла­вил эскад­ру, а так­же при­вел оттуда часть рим­ско­го гар­ни­зо­на. По неко­то­рым сооб­ще­ни­ям, стал любов­ни­ком еги­пет­ской цари­цы Клео­пат­ры. (Caes. BC III 4—5; 111; Plut. Ant. 25; Pomp. 62).

В 48 г. Гней про­вел успеш­ные опе­ра­ции про­тив флота Цеза­ря у Ори­ка и Лис­са и сжег часть его кораб­лей; под Ори­ком был тяже­ло ранен, в свя­зи с чем вынуж­ден был отка­зать­ся от взя­тия горо­да. После это­го совер­шил еще ряд напа­де­ний на насе­лен­ные пунк­ты; пытал­ся взять Брун­ди­зий. Во вре­мя бит­вы при Фар­са­ле кораб­ли Гнея сто­я­ли у ост­ро­ва Кор­ки­ры; когда при­шла весть о пора­же­нии Пом­пея-отца, флот отка­зал­ся под­чи­нять­ся Гнею и отплыл в Еги­пет. Сам Гней пере­шел в под­чи­не­ние к М. Като­ну, воз­гла­вив­ше­му уцелев­шие вой­ска пом­пе­ян­цев в Гре­ции. Обви­нил Цице­ро­на, высту­пав­ше­го за пре­кра­ще­ние борь­бы, в пре­да­тель­стве, и пытал­ся его убить, но был оста­нов­лен Като­ном. Затем вме­сте с Като­ном отплыл в Афри­ку (Caes. BC III 40; 111; Plut. Cic. 39; Cat. Min. 55; App. BC II 7; Dio XLII 12).

Оттуда в кон­це 47 г. был направ­лен в Испа­нию в долж­но­сти лега­та или про­ма­ги­ст­ра­та для сбо­ра под­креп­ле­ний; попу­т­но пытал­ся захва­тить Мавре­та­нию, но потер­пел пора­же­ние под Аску­ром; сумел овла­деть неко­то­ры­ми из Бале­ар­ских ост­ро­вов (Cic. Att. XII 2; Bell. Afr. 22—23; Bell. Hisp. 1; App. BC II 87; Dio LXII 56). В Испа­нии добил­ся ряда успе­хов: набрал 13 леги­о­нов, объ­явил себя импе­ра­то­ром и занял Бети­ку. Но после того, как в 45 г. в Испа­нию при­был лич­но Цезарь, Гней вынуж­ден был снять оса­ду Улии и вско­ре поте­рял город Атте­гуа, что при­ве­ло к мас­со­во­му бег­ству сол­дат из его вой­ска. В решаю­щей бит­ве при Мун­де потер­пел пора­же­ние, пытал­ся спа­стись бег­ст­вом, но был настиг­нут и погиб в схват­ке (Cic. Att. XII 2; Bell. Hisp.; Liv. Per. 115; Nic. Dam. Vit. Aug. 10; Vell. II 55; Suet. Iul. 35—36; Plut. Caes. 56; App. II 87; 103—105; Flor. II 13, 73—87; Dio XLIII 29—40; Eutrop. VI 24; Oros. VI 166—9; Grueber, CRRBM II 364—367; CIL XII² 885). Был печаль­но изве­стен сво­ей непри­ми­ри­мо­стью и жесто­ко­стью (Cic. Fam. VI 4; XI 19; Plut. Cic. 89; Cato min. 55; Dio XLIII 28).