Единственная уцелевшая из ряда базилик республиканского периода (Порциева базилика, самая древняя, Семпрониева базилика и Опимиева базилика разрушены полностью), Эмилиева базилика приобрела свой нынешний вид вследствие многочисленных перестроек во время империи. Построенная в 179 г. до н. э. цензорами М. Эмилием Лепидом и М. Фульвием Нобилиором на месте более древней базилики, датированной концом III века до н. э., она называлась первоначально, как следствие, базиликой Фульвия, или Эмилия Фульвия. После восстановительных работ, проведенных различными членами рода Эмилиев (в 78, 54, 34, 14 гг. до н. э. и в 22 г. н. э., при Тиберии), она получила современное название. Последняя реставрация проводилась после пожара, который, судя по расплавленным монетам, найденным на полу базилики, может датироваться началом V века, и который таким образом связывают с разграблением Рима Аларихом в 410 году н. э. Сгоревший пол был покрыт сверху новым. Вероятно, этот тип построек произошел от зданий на колоннах («гипостиль») с эллинистического Востока. Что касается названия «базилика», то это, скорее всего, эллинизированное название atrium Regium — здания архаического происхождения, прежде находившегося на этом месте. Это подтверждается тем, что эти здания выполняли функцию рынка и суда одновременно.
В действительности, в древнем мире, скорее всего, не существовало еще точной специализации типов построек, которых, к тому же, было гораздо меньше, чем в наши дни, и которые использовались для более широких целей. Таким образом, базилика представляла собой не что иное, как просторное закрытое помещение, которое в плохую погоду выполняло функции Форума: следовательно, и для судебных разбирательств, и для торговли, которые в хорошую погоду велись под открытым небом. Для этого перекрывалось как можно более широкое пространство между колоннами или пилястрами, предназначенными для того, чтобы поддерживать крышу, которая создавалась рядом нефов. Потребность в освещении решалась скорее всего возвышением центрального нефа над боковыми, что позволяло создавать широкие окна в верхней части здания.
Эмилиева базилика была спроектирована по этой схеме изначально, что следует из пробных раскопок (видимых на западной стороне), во время которых обнаружена часть более древнего строения: таким образом, можно утверждать, что планировка здания не была изменена во время последующих реставраций. Единственная значительная разница по отношению к ранее описанному плану — наличие на северной стороне двух меньших по размеру нефов вместо одного, что свидетельствует о желании строителей максимально использовать имевшееся пространство.
На южной стороне, со стороны площади, фасад базилики был украшен шестнадцатью арками на пилястрах с полуколоннами, расположенными в два яруса один над другим. После пожара в 410 году портик был заменен гораздо более частой колоннадой; три из этих гранитных колонн, опирающихся на базы из белого мрамора, были поставлены после раскопок у восточной стороны, обращенной к храму Антонина и Фаустины. Еще дальше на восток находится, не на своем месте, большая надпись с посвящением Луцию Цезарю, которая, вместе с фрагментами другой надписи, посвященной его брату Гаю, вероятней всего, были частью монумента (porticus) в честь двух будущих наследников Августа. Он, вероятно, был соединен с Парфянской аркой Августа, которая стояла на север от храма Божественного Юлия, симметрично Актийской арке, которая находилась с южной стороны храма. От портика тянулся ряд помещений (tabernae) квадратной формы, построенных из туфа и перестроенных в имперское время в tabernae novae (новые лавки), предназначенных для ростовщиков; позади них была возведена республиканская базилика. После реконструкции tabernae располагались рядом с башнями, по ступеням которых можно было попасть на второй этаж портика и на матроней (верхнюю галерею) над нефами.
Три входа вели во внутреннюю часть (около